UPSI Digital Repository (UDRep)
Start | FAQ | About

QR Code Link :

Type :thesis
Subject :QK Botany
Main Author :Norhanizan Usaizan
Title :Genetic variation, Phylogenetics and fruit quality characteristics of Physalis minima L. in Peninsular Malaysia
Place of Production :Tanjong Malim
Publisher :Fakulti Teknikal dan Vokasional
Year of Publication :2017
Corporate Name :Universiti Pendidikan Sultan Idris
PDF Guest :Click to view PDF file
PDF Full Text :Login required to access this item.

Abstract : Universiti Pendidikan Sultan Idris
Physalis is a member of the Solanaceae family and it is abundantly found growing as weeds in Malaysia. This plant reported to have various antioxidants, antimicrobials and anticancer compounds such as physalin Band F which have great potential for tumors treatment. However, due to its classification as weed, little attention is given. There is a lack of information on genetic variation and phylogenetic relationship including genetics distance to the other member of Solanaceae family. A germplasm collection consisted of 130 samples representing 19 accessions from 11 states of Peninsular Malaysia was established. Physalis minima was found growing under various environmental conditions including at farm, plantation area (especially of oil palm (Elaeis guineensis)), thus proving its high adaptability to a wide variety of ecological niches in Peninsular Malaysia. The genetic diversity of the germplasm collection was estimated using 42 qualitative and quantitative morphological characteristics and eight ISSR molecular markers. Results indicate that high morphological and molecular variations existed between the 19 accessions of P. minima collected. The 19 accessions of P. minima shared similar qualitative characteristics. Results of analysis of variance revealed that there were significant differences among the accessions for all the quantitative characteristics measured. The 19 accessions collected were grouped into five diverse clusters based on their morphological characteristics using UPGMA clustering method. The dendrogram revealed that accessions 14 (B - 01) ,15 (B - 02) and 16 (B - 03) distinctly detached from other accessions ISSRs were found to be informative molecular markers for investigating genetic diversity among the P. minima populations as indicated by the high Nei' s gene diversity coefticient and Shannon's information index (0.28 and 0.31, respectively). Results showed that AG and CA microsatellite repeats exhibited high polymorphism. The relatively low coefficient of genetic differentiation obtained from the accessions (0.398) revealed that this plant is cross-pollinating plants. Accessions 14 (B - 01), 15 (B - 02) and 16 (B - 03) were found to be distinctly separated from all other accessions studied. The results were similar to those revealed by the cluster and PC A analyses based on morphological characteristics. Although similarity coefficients among the accessions studied obtained from morphological characteristics and molecular markers were found not to be correlated with each other, both morphological and molecular characterizations revealed that accessions 14 (B - 01) ,15 (B - 02) and 16 (B - 03) were distinctly different from the other accessions. This indicates major differences in morphology and genome composition between these populations and the other populations studied. Phylogenetic analysis was done for 13 samples from the 19 accessions by using 4 regions of cpDNA and inter transcribed spacer (ITS) region. Result indicated that, it is easier to identify P. minima from similar family member by using ITS region since cpDNA is maternally inherited and less variation occurred between sequences. However, the region rbcL on cpDNA region was able to separate P. minima from P. peruviana and other members of Solanaceae family. Phylogenetic study of P. minima by using ITS and combined ITS and cpDNA regions showed that B - 02 and B - 03, which come from accessions 15 (B - 02) and 16 (B - 03) were different from other accessions with 0.03 number of nucleotide changes with 99 to 100% of bootstrap value. Therefore, it can be concluded that these two accessions has some mutation in genomes, make them able to produce better agronomic performance. Accessions of B - 02 which has high performance and superior characteristics was further study for phytochemical profiling and effects of storage on its fruits quality. n-Hexadecanoic acid (CI6H1202) and 2- Furancarboxaldehyde, 5- (hydroxymethyl)( C6H603) were major compounds that had been identified in the fruits, leaves and roots ethanolic extract with percentage of quality more than 90. Results indicated that 98% of Physalis weight loss and firmness were affected by storage duration (r' =0.98) which were indicator of senescence. Discoloration of the fruit from greenish yellow to yellow orange occurred during storage where the value of C* and h? decreased. Storage duration longer than 6 days will increase the level of soluble solids concentration. However, the ascorbic acids, titratable acidity and pH level will decrease. Result indicated that accessions 15 (B - 02) has high level of beneficial phytocomponents and the fresh fruits can be stored up to 3 days to obtain optimum postharvest quality characteristics.


Adams,  W.T.  and  Birkes,  D.S.  (1990).  Estimating  mating  pattern  in  forest  tree 

populations.  In: Hattemer  HH, Fineschi  S (Eds)  Biochemical  markers  in the population  genetic 

of forest  trees. The Hague:  S.P.B.  Academic  Publishing, BV.


Ahmad,    R.,    Struss,    D.    and    Southwick,    S.M.    (2003).    Development    and 

characterization ofmicrosatellite markers in Citrus. Journal America Society Horticulture Science 



Ajibade, S. R., Weeden, N. F. and Chite, S. M. (2000). Inter simple sequence repeat analysis  of 

genetic  relationships  in the genus  Vigna.  Euphytica.  111(1): 47- 55.


Al-Amri,   S.M.   (2013).   Improved   growth,   productivity   and   quality   of   tomato 

(Solanum lycopersicum L.) Plants through application of shikimic acid. Saudi Journal of Biological 

Sciences 20: 339-345.


Azlan,  G.J.,  Marziah,  M.,  Radzali,  M.  and  Johari,  R.  (2002).  Establishment  of Physalis  

minima  hairy  roots  culture  for  the  production  of  physalins.  Plant Cell, Tissues and Organ 

Culture 69: 271-278.


Ali, Z.M., Chin, L.,  Marimuthu, M. and Lazan, H. (2004). Low temperature  storage and  modified  

atmosphere  packaging  on carambola  fruit and  their effects on ripening   related   texture   

changes,   wall   modification   and   chilling   injury symptoms. Postharvest  Biology and 

Technology 33: 181-192.


Ali, I.  F.,  Neale,  D.  B.  and  Marshall,  K.  A.  (1991).  Chloroplast  DNA  restriction 

fragment   length   polymorphism   in   Sequoia   sempewirens   D.   Don   Endl., Pseudotsuga  

menziesii  (Mirb.)  Franco,  Calocedrus  decurrens  (Torr.),  and Pinus taeda L. Theoretical and 

Applied Genetics 81:83-89.


Alvarez,   I.   and    Wendel,   J.F.   (2003).   Ribosomal    ITS   sequences   and   plant 

phylogenetic inference. Molecular Phylogenetics and Evolution 29: 417-434.


APG. (1998). An ordinal classification for the families of flowering plants. Annals of the Missouri 

Botanical Garden 85: 531-553.


Aqil,   F.,   Ahmed,   I.   and   Mehmood,   Z.   (2006)   Antioxidant   and   free   radical 

scavenging  properties  of  twelve  traditionally  used  Indian  medicinal  plants. Turkish Journal 

of Biology, 30:177-183.


Anthon,  G.E.,  Michelle,  L.  and  Diane,  M.B.  (2011).  Changes  in pH, acids,  sugars and other 

quality parameters during extended vine holding of ripe processing tomatoes  Journal  Science  Food 

 Agriculture.  (  DOI 10.1002/jsfa.4312.


Avise ,  J.C.  (2004).  Molecular  Markers ,  Natural  History,  and  Evolution.  2??  ed.

Sunderland, Massachusetts: Sinauer Associates Inc Publisher.


Baldwin,  B.G.  (1992).  Phylogenetic  utility  of  the  internal  transcribed  spacers  of nuclear 

  ribosomal   DNA   in   plants:   An   example   from   the   compositae. Molecular Phylogenetic 

Evolution 1: 3-16.


Baldwin,  B.G., Sanderson, M.J., Porter, J.M., Wojciechowski, M.F., Campbell, C.S. and  Donoghue,  

M.J.  (1995).  The  ITS  region  of  nuclear  ribosomal  DNA:  A valuable  source  of  evidence  on 

 angiosperm  phylogeny.  Annual  Molecular Botany Garden 82: 247-277.


Baker,  AL.   and  Bryson,  G.M.  (2007).  Handbook  of  Plant  Nutrition.  Boca  Raton, Florida: 

CRC Press.


Baker,   W.J.J.,   Dransfield,   J.  an'd   Hedderson,   T.A. (2000).   Phylogeny,   character 

evolution,   and   a   new   classification   of   the   Calamoid   palms. Systematic Botany 25: 



Backer,   F.T.,   Chulham,   A,    Gomex-Martinez,   R.,   Carvalho,   J.,   Compton,   J., 

Dawtrey,  R. et al. (2000).  Patterns  of  nucleotide  substitution  in  angiosperm cpDNA  

trnL(UAA)-tmF(GAA) regions.  Molecular  Biology  and  Evolution. 17(8): 1146-1155.


Barton,  N.H.,  Briggs,  D.E.G.,  Eisen,  J.A,  Goldstein,  D.B.  and  Patel,  N.H.  (2007). 

Evolution,  Phylogenetic  Reconstruction  (Chapter  27).  United  States:  Cold Spring Harbor 

Laboratory Press.


Baxevanis,  D.A. and Quellette, B.F.F.  (2001).  Bioinformatics: A Practical  Guide to The Analysis 

 of Genes and  Proteins,  2??  Ed. United  States:  John  Wiley  and Sons, Inc.


Becker,  B.R.  and  Fricke,  B.A.  (1996).  Transpiration  and  respiration  of  fruits  and 

vegetables. Refrigeration  Science and Technology 6, 110-121.


Ben-Yehoshua,  S. (1985).  Individual  seal-packaging of fresh fruit and  vegetables  in plastic 

film -  A new postharvest technique. HortScience 20: 32-37.


Bhattarai, D.R. and Gautam,  D.M.  (2006). Effect of harvesting  method  and calcium on post  

harvest  physiology  of tomato.  Nepal  Agricultural  Research  Journal 7: 37-41.


Bemalte,  M.J.,  Sabio,  E.,  Hernandez,  M.T.  and  Gervasini,  C.  (2003).  Influence  of storage 

delay of Van sweet cherry.  Postharvest  Biology and  Technology  28: 303-312.


Bharat,  R.V. (2014).  Review  on calculation  &  types of various heat loadsin  banana ripening   

cold   storage.   International   Journal   for   Scientific   Research   & Development 2: 



Biswas, M.S., Hassan, J. and Hossain, M.M. (2010). Assessment of genetic diversity in  french  bean 

 (Phaseolus   vulgaris  L)  based  on  RAPD  marker.  African Journal of Biotechnology 32: 



Bohs, L.  (2005).  Major clades in Solanum  based on ndhF  sequence  data. Pp. 27-49 in:  Keating,  

R.C.,  Hollowell,  V.C.  &  Croat,  T.B.  (eds.),  A  Festschrift  for William  G. D' Arey: The 

Legacy of a Taxonomist. Monographs  in Systematic Botany  of  the  Missouri  Botanical  Garden  

104.  Missouri  Botanical  Garden Press, St. Louis, Missouri.


Bremer, B., Bremer, K., Heidari,  N., Erixon,  P., Olmstead,  R.G., Anderberg,  A.A., Kallersjo,  

M. and  Barkhordarian, E. (2002).  Phylogenetics  of  asterids  based on  3  coding  and  3  

non-coding  chloroplast  DNA  markers  and  the  utility  of non-coding  DNA  at  higher  taxonomic 

 levels.  Molecular  Phylogenetics  and Evolution 24: 274 -  301.


Brown, P. J., Mei, G., Gibberd, F. B., Burston, D., Mayne, P. D., McClinchy, Jane E. and  Sidey,  

M.   (1993).  Diet  and  Refsum's  disease.  The  determination   of phytanic   acid   and   phytol 

  in  certain   foods   and   the   application   of   this knowledge  to  the  choice  of  

suitable  convenience  foods  for  patients  with Refsum's disease. Journal of Human Nutrition and 

Dietetics. 6 (4): 295-305


Cameron,  K.M.  (2005).  Leave  it to  the  leaves:  A  molecular  phylogenetic  study  of 

malaxideae (Orchidaceae ). American Journal of Botany 92: 1025-1032.


Canter,  P.H.,  Thomas,  H.  and  Ernst,  E.  (2005).  Bringing  medicinal  plants  into 

cultivation:   opportunities   and   challenges   for   biotechnology.   Trends   in Biotechnology  

6 (2): 297-302.


Cantwell, M.I., Nie, X. and Hong, G. (2009). Impact of storage conditions  on grape tomato   

quality.   Proceedings    of   the   6??   ISHS   Postharvest    Symposium. International Society 

of Horticultural  Sciences, Antalya, Turkey.


Chapman, H. M., Parh, D. and Oraguzie, N. (2000). Genetic structure and colonizing success   of   a 

  clonal,   weedy   species,   Pilosella   officinarum   (Asteraceae). Heredity. 84(4): 401-409.


Cheghamirza,  K.,  Koveza,  0.   V.,  Konovalov,  F.  A.  and  Gostimsky,  S.  A.  (2004). 

Identification and mapping  of Chi115 gene and DNA markers linked  to it in pea (Pisum sativum L.). 

Russian Journal of Genetics. 40(7): 737-742.


Chase,  M.W.  and  Cox,  AV.  (1998).  Gene  sequence,  collaboration  and  analysis  of large 

datasets. Australian Systematic Botany 11(2): 215-229.


Chase,  M.W.,  Soltis, D.E., Olmstead, R.G., Morgan,  D.R., Les, D.H.,  Mishler, B.D. et   

al.(1993).   Phylogenetics   of   seed   plants:   An   analysis   of   nucleotide sequences  from  

the  plastid  gene  rbcL. Annual Missouri  Botany  Garden  80:



Clarkson, J.J., Knapp,  S., Aoki,  S., Garcia,  V.F.,  Olmstead,  R.G.  and  Chase, M.W. (2004).  

Phylogenetic  relationships  in  Nicotiana  (Solanaceae)  inferred  from multiple plastid DNA 

regions. Molecular Phylogenetic Evolution. 33: 75-90.


Coolong,  T.W.,  Randle,  W.M.  and  Wicker,   L.  (2008).  Structural   and  chemical differences 

in the cell wall regions in relation to scale firmness of three onion (Allium  cepa L.)   

selections  at  harvest  and  during  storage. Journal   of  the Science of Food and Agriculture 



Coseteng,  M.Y.  and  Lee,  C.Y.  (1987).  Changes  in  apple  polyphenoloxidase  and polyphenol  

concentration fo relation to degree  of browning.  Journal  of Food Science 52 (4): 985-989.


Cronn, R.C., Cedroni, M., Haselkom, T.,  Grover, C. and Wendel, J.F. (2002). PCR­ mediated  

recombination   in  amplification  products  derived  from  polyploid cotton. Theory Applied 

Genetic 104: 482-489.


D'Arcy, W.G. (1991). The Solanaceae since 1976, with a review of its biogeography. In  J.G.  

Hawkes,  R.N.  Lester,  M.  Nee,  &  N.  Estrada  (eds.),  Solanaceae  III: Taxonomy, Chemistry, 

Evolution. 75-138. Royal Botanic Garden, Kew.


Dadzie,   B.K.   and    Orchard,    J.E.   (1997).    Routine    post-harvest    screening   of 

banana/plantation hybrids: criteria and method.  Inibab Technical  Guidelines: International plant 

Genetic Resources Institute.


Daines,  A,   Payne,  R,  Humphries,   M.  and   Abell,   A  (2003).  The   Synthesis  of Naturally 

Occurring  Vitamin  K and  Vitamin  K Analogues.  Current  Organic Chemistry. 7 (16): 1625-34


Davierwala,  AP.,  Chowdari,  K.V.,  Kumar,  S.,  Reddy,  A.P.K.,  Ranjekar,  P.K.  and Gupta, V.S. 

(2000). Use of three different marker systems to estimate genetic diversity oflndian elite rice 

varieties. Genetica, 108(3) :269-284.


Deng, Y., Wu, Y. and Li, Y. F. (2005). Changes  in firmness, cell  wall composition and cell wall  

hydrolases  of grapes stored  in high  oxygen  atmospheres.  Food Research International, 38(7): 



Demesure,  B.,  Sodzi,  N.  and  Petit, R.  J.  (1995).  A  set  of  universal  primers  for 

amplification   of   polymorphic   noncoding   regions   of   mitochondrial    and chloroplast DNA 

in plants. Molecular Ecology 4: 129-131.


Devasagayam, T.P.A., Tilak, J.C., Boloor, K.K., Ketaki Sane, S., Saroj, S., Ghaskad bi  and  

Lele.R.D.  (2004).   Review   article.   Free   radicals   and   antioxidants in  human  health:  

current  status  and  future  prospects. JAPI. 52


Ding,  P.   and   Diana,   J.  (2013).   Physico-chemical  changes   in   dabai  (Canarium 

odontophyllum  Miq.) fruit during modified  atmosphere storage. International Food Research Journal 

20(6): 3033-3040.


Ding, P. and  Ng,  S.B.  (2008).  Effects  of  1-methylcyclopropene  on  the  postharvest life 

ofEksotika papaya. Journal of Applied Horticulture 10: 123-128.


Doebley, J. (1992). Mapping the genes that made maize. Trends Genet 8: 302.


Dong, W., Liu, J., Yu, J., Wang, L. and Zhou, S. (2012). Highly variable chloroplast markers for 

evaluating plant phylogeny at low taxonomic levels and for DNA barcoding. PLoS One 7 00.


Donoghue,  M.  J.,  Bell,  C.  D.  and  Li, J.  (2001). Phylogenetic  patterns  in  northern 

hemisphere plant geography. International Journal of Plant Science 162: 41- 52.


Doyle,  J.J,  Doyle,  J.L.  and  Brown,  A.H.D  (1999).  Incongruence  in  the  diploid  b­ genome  

species  complex  of  glycine (Leguminosae)  revisited:  Histone H3-D alleles  versus  chloroplast  

haplotypes.  Molecular  Biology  and  Evolution.  16:

(             354-36 2.


Duminil,  J. and  Michele,  M.D. (2009).  Plant species delimitation:  A comparison  of 

morphological  and molecular markers. Plant Biosystem 143 (3): 528-542.


Ellstrand,  N.C.  (1990).  Gene  flow  among  seed  plants  populations.  New  Forest  6: 241-256.


El  Assi,  N.E.,  Huber,  D.J.  and  Brecht,  J.K.  (1997).  Irradiation-induced  changes  in 

tomato  fruit  and  pericarp  firmness,  electrolyte  efflux  and  cell  wall  enzyme activity as 

influenced  by ripening stage. Journal of The American Society for Horticulura  Science 122: 



Ernken, Edward  A. (1994).  Metabolism  of dietary  stearic  acid  relative  to other  fatty acids  

in  human  subjects.  American  Journal  of  Clinical  Nutrition.  60  (6): 1023S-1028S.


Fang, D. Q. and Roose, M. L. (1997). Identification of closely related citrus cultivars with    

inter-simple    sequence    repeat    markers.    Theoretical    and    Applied Genetics. 95(3): 



Fang, D., Krueger, R. R. and Roose, M. L. (1998). Phylogenetic  relationships among selected   

Citrus  germplasm   accessions  revealed   by  inter-simple   sequence repeat  (ISSR)  markers.  

Journal  of  the  American  Society  for  Horticultural Science. 123(4): 612-617.


Fay, M.F., Olmstead, R.G. Richardson, J.E., Santiago-Valentin, E., Prance, G.T. and Chase, M.W. 

(1998). Molecular data support the inclusion of Duckeodendron cestroides in Solanaceae. Kew 

Bulletins. 53: 203- 212.


Feng, S., Jiang, M., Shi, Y., Jiao, K., Shen, C., Lu, J., Ying, Q. and Wang, H. (2016) Application  

of  the  ribosomal  DNA  ITS  2  region  of Physalis  (Solanaceae): DNA barcoding and phylogenetic 

study. Front. Plant Sci. 7:1047.


Fischer, R.L. and Bennett, A B. (1991). Role of cell wall hydrolases in fruit ripening.

Annual Review Plant Physiology Plant Molecule Biology 42: 675-703.


Funk, H.T.,  Berg, S., Krupinska , K., Maier, U.G. and Krause, K.  (2007).  Complete DNA  sequences 

 of  the  plastid  genomes  of  two  parasitic  flowering  plant species, Cascuta rejlexa and 

Cascuta gronovii. BMC Plant Biology 7:45.


Gandhiappan,   L.  and  Rengasamy,  R.  (2012).  Comparative  study  on  antioxidant activity   of  

different  species  of  Solanaceae   family.  Journal   Advances  in Applied Science Research 3 



Gao, Z., Qian, Q., Liu, X., Yan, M., Feng, Q., Dong, G., Liu, J. and Han, B. (2009). Dwarf  88,  a  

novel   putative   esterase  gene   affecting   architecture   of  rice plant. Plant Molecular 

Biology 71: 265-276.


Garcia,  Loredo,  AB.,  Guerrero,  S.N.  and  Gomez,  P.L.  (2013).  Food  Bioprocess Technology 6: 



Gaut,  B.S.  (1998) .  Molecular  clocks  and  nucleotide  substitution  rates  m  higher plants. 

Journal of Evolutionary Biology. 30: 93-120.


Ge, X. J., Yu, Y., Zhao, N. X., Chen, H. S. and Qi, W. Q. (2003). Genetic variation in   the   

endangered   Inner   Mongolia   endemic   shrub   Tetraena   mongolica Maxim.(Zygophyllaceae)  . 

Biological Conservation. 111(3): 427-434.


Gemeinholzer,   B.  and  Wink,  M.  (2001).   Solanaceae:   occurrence   of  secondary compounds  

versus  molecular  phylogeny.   Pp.  165-177  in:  Van  den  Berg, R.G.,  Barendse,  G.W.M.,  Van  

der  Weerden,  G.M.  &  Mariani,  C.  (eds.), Solanaceae V: Advances in Taxonomy and Utilization.  

Nijmegen  University Press, Nijmegen.


Gomez,  P.  A   and  Camelo,  A   F.  L.  (2002).  Calidade  postcosecha   de  tomates almacenados 

em atm6sferas controladas. Hortic Bras, 20(1): 38-43.


Gupta, P.K. and Varshney,  R.K. (2000). The development  and use of microsat ellite markers  for  

genetic  analysis  and  plant  breeding  with  emphasis  on  bread wheat. Euphytica 113: 163- 185.


Hall, AT.  (1999).  Bio Edit:   A User Friendly Biological Sequence Alignment Editor and   Analysis 

  Performer   Windows   95/98/NT.   Nucleic   Acid   Symposium Series, Axford Journals.


Harris, S. and Ingram, R. (1991). Chloroplast  DNA and biosystematics: The effects ofintraspecific 

diversity and plastid transmission. Taxon 40(3): 393-412.


Hayashi,  K.  and  Kawano,  S.  (2000).  Molecular  systematics  of  !ilium  and  allied genera  

(Liliaceae):   Phylogenetic   relationships   among  Lilium  and  related genera  based  on  The  

rbcL  and  matK  gene  sequence  data.  Plant  Species Biology 15:73-93.


Hancock,   C.T.   and   Epperson,   J.E.   (1990).   Temporal   cost   analysis   of   a   new 

development  in  controlled  atmosphere  storage:  the  case  of  vidalia  onions. Journal of Food 

Distribution Research 21: 65-72.


Hausner, G., Olson, R., Simon, D., Johnson, I., Sanders, E.R., Karol, K.G., McCourt,

R.M.  and Zimmerly,  S. (2006). Origin and evolution of the chloroplast  trnK (matK)  Intron:  a  

model  for  evolution  of  group  II  intron  RNA  structures . Molecular Biology Evolution 23: 



Hawkes,  J.  G.  (1980).  Crop  genetic  resources:  field  collection  manual  for  seed crops, 

root and  tuber crops, tree fruit crops and related  wild species. Rome: IBPGR/ EUCARPIA.


Hebert,  P.D.N.,  Cywinska,  A.,  Ball,  S.L.  and  de  Waard,  J.R.  (2003).  Biological 

identifications  through  DNA  barcodes.  Proceeding  Biological  Science  270: 313-322.


Henning,  W.,  Davis,  D.  and  Zangerl,  R.  (1999).  Phylogenetic  Systematics.  United States: 

University of Illinois Press.


Hilu,   K.W.   and   Liang,   H.   (1997).   The   matK   Gene:   Sequence   variation   and 

application in plant systematics. American Journal of Botany 84: 830-839.


Hilu, K.W.,  Borsch,  T., Muller,  K., Soltis, D.E., Soltis, P.S., Savolainen,  V., et al. (2003).  

 Angiosperm   Phylogeny   based   on   matK   Sequence   Information. American Journal of Botany. 

90: 1758-1776.


Hillis,  D.M,  Moritz,  C.  and  Marble,  B.K.  (1996).  Molecular  Systematics.  United States: 

Sinauer Associates, Inc.


Hiratsuka,    J., Shimada,     H., Whittier,    R., Ishibashi,    T., Sakamoto,     M., Mori, M., 

Kondo, C., Honji, Y., Sun, C.R., Meng, B.Y., et al. (1989). The complete sequence   of  the  rice  

(Oryza   sativa)   chloroplast   genome:   intermolecular recombination  between  distinct  tRNA  

genes  accounts  for  a  major  plastid DNA inversion  during  the evolution  of  the cereals.  

Molecular  and  General

Genetic. 217: 185-194.


Hokanson,  S.  C.,  Szewc-McFadden,  A.  K.,  Lamboy,  W.  F.  and  McFerson,  J.  R. (1998).   

Microsatellite   (SSR)   markers   reveal   genetic   identities,   genetic diversity   and   

relationships   in   a   Malusx   domestica   Borkh.   core   subset collection. Theoretical and 

Applied Genetics. 97(5): 671-683.


Holder,  M. and Lewis, P.O.  (2003).  Phylogeny  estimation:  traditional  and  bayesian 

approaches. Nature Reviews Genetics. 4: 275-284.


Hosseini,  S.  (2011).  Morphological   and  molecular  Systematics  of  Bolbuphyllum THOU.  In   

Peninsular  Malaysia.   PhD  Thesis,  Universiti   Putra  Malaysia, Malaysia.


Howard,  L.A.,  Wong,  AD.,  Perry,  AK.   and  Klein,  B.P.  (1999).  B-carotene  and ascorbic  

acid  retention  in  fresh  and  processes  vegetables.  Journal  of  Food Science 64 (5): 929-936.


Huelsenbeck,  J.P.  and  Rannala,  B.  (1997).  Phylogenetic   methods  come  of  age: testing 

hyphothese in an evolutionary  context. Science: 227-276.


Hunter, J. E., Zhang, J. and Kris-Etherton, P. M. (2009). Cardiovascular disease risk of dietary 

stearic acid compared  with  trans, other saturated,  and  unsaturated fatty acids: A systematic  

review.  American  Journal  of Clinical  Nutrition.  91 (1): 46-63


Immanuel,  V.Y.  and  Rebecca,  J.N.  (1996).  International   Rice  Research  Institute (IRRI). 

Retrieved 10 September 2013.


Islas-Osuna,   M.A.,   Stephens-Camacho,   N.A.,   Carmen,   A.,   Contreras-Vergara, Marisela, 

R.D, Sanchez-Sanchez, E., Monica,  A., Villegas,  0.  and  Gustavo,

A.G.  (2010).  Novel  postharvest  treatment  reduces  ascorbic  acid  losses  in Mango   

(Mangifera   indica   L.)   American    Journal   of   Agricultural   and Biological Sciences 5 

(3): 342-349.


Isshiki,  S.,  Iwata,  W.  and  Khan,  M.M.R.,  (2008).   ISSR  vanahons   m  eggplant (Solanum    

melongena     L.)     and    selected     Solanum    species.     Scientia Horticulturae 117: 



Jacobi,  K.K.,   Macrae,  E.A.  and   Hetherington,   S.E.  (2000).   Effects  of  hot  air 

conditioning  of  'kensington'   mango  fruit  on  the  response   to  hot  water treatment. 

Postharvest Biology and Technology 21: 39-49.


Jesus, O.N., Freitas, J.P.X., Dantas, J.L.L. and Oliveira, E.J. (2013). Use ofmorpho­ agronomic  

traits  and  DNA profiling  for classification of genetic  diversity  in papaya. Genetics and 

Molecular Research 12 (4): 6646-6663.


Johnson,  L.A.  and  Soltis,  D.E.  (1994).  matK  DNA  sequences  and  phylogenetic reconstruction 

in Saxifragaceae. Systematic Botany 19: 143-156.


Joey, S., Edgar,  B.L., Edward,  E., Schilling, T. and Randall, S. (2007). Comparison of  whole  

chloroplast  genome  sequences  to  choose  noncoding  regions  for phylogenetic  studies  in 

angiosperms:  the tortoise  and  the hare III. American Journal of Botany 94 (3): 275-288.


Joshi,  S.P.,  Gupta,  V.S.,  Aggarwal,  R.K.,  Ranjekar,  P.K.  and  Brar,  D.S.  (2000). Genetic  

diversity  and  phylogenetic  relationship  as  revealed  by  inter-simple sequence   repeat   

(ISSR)   polymorphism   in  the  genus   Oryza.   Theoretical Applied Genetics 100: 1311-1320.


Kadzere, I.,  Watkins, C.B., Merwin, I.A, Akinnifesi, F.K. and Saka, J.D.K. (2006b) Postharvest 

damage  and  darkening  in fresh fruit of Uapaca  kirkiana  (Muell. Arg.). Postharvest  Biology and 

Technology 39: 199-203.


Kaur, G., Joshi, A,  Jain, D., Choudhary,  R. and Vyas, D. (2015). Diversity analysis of  green  

gram  (Vigna   radiata  L.  (Wilczek))   through  morphological   and molecular markers. Turkish 

Journal of Agriculture and Forestry 40: 229-240.


Kawai, M., Makino, B., Yamamura, H. and Butsugan,  Y. (1996). Upon 'physalin L' isolated from 

Physalis minima. Phytochemistry 43: 661-663.


Karthikeyani,  T.P.  and  Janardhanan,  K.  (2003).  Indigenous  medicine  for  snake, scorpion and 

insect  bites/stings in Siruvani hills, Western ghats, South India. Biotechnology Environment 

Science 5: 467-470.


Kays, S.J., (1991). Postharvest  Physiology  of Perishable Plant Products. New York: Van Nostrand 



Kelchner,  S.A.  (2002).  Group  II  intrans  as  phylogenetic  tools:  structure,  function, and  

evolutionary  constraints.  American  Journal  of  Botany.  89  (10):  1651- 1669.


Khorshidi-Benarn,  M.  B.  and  Hassan-Panah,  D.  (2008).  GA3  affects  dormancy  of

Agria potato mini-tubers. Journal of New Agricultural  Sciences, Islamic Azad University, Miyaneh 

Branch 12:11-20.


Kim,  Y.M.,  Brecht,  J.K.  and  Talcott,  S.T.  (2007).  Antioxidant  phytochemical  and fruit  

quality  changes  in  mango  (Mangifera  indica  L.)  following  hot  water immersion  and  

controlled  atmosphere  storage.  Food  Chemistry  105:  1327-



Kim, K.J. and Jansen, R.K. (1995). ndhF sequence evolution and the major clades in the sunflower 

family. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92:10379-10383.


Knapp,  S.,  Chase,  M.W.  and  Clarkson,  J.J.  (2004).  Nomenclatural  changes  and  a new 

sectional classification in Nicotiana (Solanaceae). Taxon 53: 73-82.


Kulcheski,  F.R.,  Muschner,  V.C.,  Lorenz-Lemke,   AP.,  Stehmann,  J.R.,  Bonatto, S.L., 

Salzano, F.M. and Freitas, L.B. (2006). Molecular phylogenetic analysis of Petunia Juss. 

(Solanaceae). Genetica 126: 3-14.


Kumar, L.D.,  Kathirvel,  M., Rao, G.V. and  Nagaraju,  J.  (2001).  DNA  profiling  of disputed 

chilli samples (Capsicum annum) using ISSR-PCR  and FISSR-PCR marker assays. Forensic Science 

International  116:63-68.


Kvaratskhelia,  E.,  and  Kvaratskhelia,  R.,  (2007).  The  degrees  of  dissociation  of weak 

multibasic organic acids. Journal Of Solution Chemical 36: 787.


Kvikliene,  N.,  Kviklysand,  D.  and  Viskelis,  J.P.  (2006).  Changes  in  fruit  quality during 

ripening and storage in the apple cultivar 'Auksis'.  Fruit Ornamental Plant Resources 14: 195-202.


Lanaud, C., Risterucci,  AM., Pieretti, I., Falque,  M., Bouet,  A  and  Lagoda,  P.J.L. (1999).   

Isolation   and   characterization   of   microsatellites   in Theobroma cacao L. Molecular Ecology 

8: 2141-2143.


Lee,  S. K. and  Kader,  A   A  (2000).  Preharvest  and  postharvet  factors  influencing vitamin 

C content of horticultural crops. Postharvest Biology and Technology 20(3): 207-220.


Lemey,  P., Salemi,  M. and  Vandamme,  AM.   (2009).  The Phylogenetic  Handbook: A Practical 

Approach  to Phylogenetic  Analysis and Hyphothesis  testing. UK: Cambridge University Press.


Lespinasse,  D.  (2000)  Identification  of QTLs  involved  in  the  resistance  to South American  

Leaf  Blight  (Microcyclos  ulei)  in  the  rubber  tree.  Theoretical Applied Genetics 100: 



Levin, R.A  and Miller, J.S. (2005). Relationships within tribe Lycieae (Solanaceae): paraphyly  of 

Lycium  and  multiple  origins  of gender  dimorphism.  American Journal Botany 92: 2044-2053.


Levin, R.A., Myers, N.R. and Bohs, L. (2006). Phylogenetic  relationships among the "spiny    

solanums"    (Solanum    subgenus    Leptostemonum,    Solanaceae). American Journal Botany 93: 



Lipton, W.J., (1997). Science Editor's Soapbox. ASHS Newsletter 7: 2.


Li,   J. (2008). Phylogeny   of Catalpa (Bignoniaceae)   inferred   from   sequences   of 

chloroplast ndhF and  nuclear  ribosomal  DNA Journal  of  Systematics  and Evolution 46: 341-348


List,  P.H.  and   Horhammer,   L.  (1979).Hager's  handbuch   der  pharmazeutischen praxis. Volume 

6, Springer-Verlag, Berlin.


Lock, K., Pomerleau,  J., Causer, L.  and McKee, M. (2004). Low fruit and vegetable consumption. Retrieved  22 July 2015


Ludtke,  R.,  Agostini,  G.,  Sfoggia,   Miotto,  S.T.  and  Souza-Chies,   T.T.  (2009). 

Characterizing Polygala  L.  (Polygalaceae) species  in Southern  Brazil  using ISSR. Plant 

Molecular Biology Report 28:317-323.


Malcomber,   S.T.   (2002).   Phylogeny   of  Gaertnera   Lam.  (Rubiaceae)   based   on multiple   

DNA   markers:  evidence  of  a  rapid  radiation   in  a  widespread, morphologically diverse 

genus. Evolution. 56: 42-57.


Mantel,  N.  and  Valand,  R.  S.  (1970).  A  technique  of  nonparametric  multivariate analysis. 

Biometrics. 26(3): 547-558.


Mason-gamer,  R.J.  (2001).  Origin  of  Noth  American  elymus  (Poaceae:  Triticeae) 

allotetraploids   based   on   granule-bound   starch  synthase   gene  sequences. Systematic 

Botany 26: 757-768.


McCauley,  D.E.  (1995).  The  use  of  chloroplast  DNA  polymorphism  in studies  of gene flow in 

plants. Trends in Ecology and Evolution  l 0: 198-202.


McDermott,  J. M.  and  McDonald,  B.  A  (1993).  Gene  flow  in plant  pathosystems.

Annual Review of Phytopathology. 31(1): 353-373.


Michu,   E.   (2007).   A   short   guide   to   phylogeny    reconstruction.   Plant   Soil 

Environment. 53 (10): 442-444.


Migliore,  L.  and  Coppede,  F.  (2009).  Environmental  induced  oxidative  stress  in 

neurodegenerative disorders and aging. Mutation Research 674: 73-84.


Mohd,  E.T., Mazlin,  M., Muhammad,  B.G.  and  Nor Azlina,  A.A  (2009).  Analysis of  the  

physical   characteristics  of   bris  soil  in  coastal   Kuala   Kemaman, Terengganu. Research 

Journal of Earth Sciences 1(1):01-06.


Mogensen,  H. L. (1996).  The  hows  and  whys  of  cytoplasmic  inheritance  in  seed plants. 

American Journal of Botany 83: 383-404.


Morris, J.R. and Brady, P.L. (2005). Temperature  effects on produce degradation. In

0.    Lamikanra,   S   imam   and   D.   Ukuku   (Eds.),   Produce   Degradation: Pathways and 

Prevention (pp. 599-647). Florida: Taylor & Francis.


Muniz, J., Kretzschmar, A.A., Rufato, L., Pelizza,  T.R., Rufato, A.D.R. and Macedo,

T.A.  (2014).  General  aspects  of  Physalis  cultivation.  Ciencia  Rural  44(6): 964-970.

Murtagh, F. (1985). A survey of algorithms for contiguity-constrained clustering and related 

problems. The Computer Journal. 28(1): 82


Nagaoka,  T.  and  Ogihara,  Y.  (1997).  Applicability  of  inter-simple  sequence  repeat 

polymorphisms  in  wheat  for  use  as  DNA  markers  in  comparison  to  RFLP and RAPD markers. 

Theoretical Applied Genetics  94: 597-602.


Natarajan,  M.R., Wang, H., Hickey, R. and Bhatnagar,  L. (1995). Effect  of Oxygen and   storage   

conditions   on   the   metabolic   activities   of   polychlorinated biphenyls   dechlorinating   

microbial   granules.   Applied   Microbiology   and Biotechnology 43 (4): 733-738.


Nath,  A.,  Deka,  B.C.,  Singh,  A.,  Patel,  R.K.,  Paul,  D.,  Misra,  L.K.  and  Ojha,  H. 

(2012).   Extension   of  shelf  life  of  pear   fruits   using   different   packaging materials. 

Journal of Food Science and Technology 49(5): 556-563.


Nathiya,  M.  and  Dorcus  D.  (2012).  Preliminary  phytochemical   and  anti-bacterial studies on 

Physalis minima L. International Journal Sciences 1: 24-30.


Nei, M.  (1973a).  Analysis  of gene diversity  in subdivided  populations,  Proceedings of  the  

National  Academy  of  Sciences  of  the  United  States  of  America. 70(12): 3321, 1973.


Nei,  M.  (1973b).  The  theory  and  estimation  of  genetic  distance.  In:  Morton  N.E. (ed).  

Genetic  Structure  of  Populations   (pp.  45-54).  Honolulu:  University Press of Hawaii.


Nei,  M.  and  Kumar,  S.  (2000)  Molecular  Evolution  and  Phylogenetics.  Oxford University  

Press, New York


Netscher,   T.  (2007).   Synthesis   of   Vitamin   E.   In   Litwack,   Gerald.   Vitamin  E.

Vitamins and Hormones. 76. 155-202.


Ofelia, V.P., Luis, F., Perez, A., Pilar, Z.T. and Aaron, R. (2010).  Assessing  genetic diversity  

in  mexican  husk  tomato  species.  Plant  Molecular  Biology  Report 29: 733-738.


Ogunlesi, M., Okiei, W., Azeez, L., Obakachi,  V., Osunsanmi,  M. and Nkenchor, G. (2009).  Vitamin 

 C contents  of  tropical  vegetables  and  foods  determined  by voltammetric  and  titrimetric  

methods  and  their  relevance  to  the  medicinal uses of the  plants.  International  Journal  of 

 Electrochemical Science  5:105-



Okwu, D.E. and Josaiah, C. (2006). Evaluation of the chemical  composition  of two Nigerian 

medicinal plants. African Journal of Biotechnology. 5: 357 -  361.


Olmstead,  R.G.,  Bohs,  L.,  Migid,  H.A.,  Sentiago-Valentin,  E.,  Garcia,  V.F.  and Collier, 

S.M. (2008). A molecular phylogeny of the solanaceae.  Taxon 57(4): 1159-1181.


Olmstead,   R.G.   and   Sweere,   J.A.   (1994).   Combining   data   in   phylogenetic 

systematics:  an  empirical  approach  using  three  molecular  data  sets  in  the Solanaceae. 

Syst. Biol. 43: 467-481.


Olmstead,  R.G.,  Sweere,  J.A.,  Spangler,  R.E.,  Bohs,  L.  and  Palmer,  J.D.  (1999). 

Phylogeny   and   provisional   classification   of   the   Solanaceae   based   on chloroplast   

DNA.  Pp.  111-137  in:  Nee,  M.,  Symon,  D.,  Lester,  R.N.  & Jessop, J. (eds.), Solanaceae IV: 

Advances  in Biology  and Utilization. Royal Botanic Gardens, Kew


Olmstead, R.G., Reeves,  P.A. and Yen, AC.  (1998). Patterns  of sequence evolution and 

implications for parsimony analysis of chloroplast  DNA. Pp. 164-187 In: Molecular Systematics of 

Plants II: DNA sequencing  (eds, P. S. Soltis, D. E. Soltis, and J. J. Doyle), Kluwer, Boston


Olmstead, R.G. and Bohs, L. (2007). A summary of molecular systematic research in Solanaceae   

1982-2006   in:   Spooner,   D.M.,   Bohs,   L.,   Giovannoni,   J., Olmstead,  R.G.  and  Shibata, 

 D.,  (eds.),  Solanaceae  VI:  Genomic  Meets Biodiversity.  Proceedings  of the Sixth 

International  Solanaceae  Conference. Acta   Horticulturae   745.  International   Society   for  

Horticultural   Science, Leuven: 255-268.


Olmstead,  R.G.  and  Palmer,  J.D.  (1992).  A  chloroplast  DNA  phylogeny  of  the Solanaceae:   

 subfamilial    relationships    and   character   evolution.    Annual Missouri Botany Garden 79: 



Olmstead,   R.G.   and   Sweere,   J.A.   (I 994).   Combining   data   in   phylogenetic 

systematics:  an  empirical  approach  using  three  molecular  data  sets  in  the Solanaceae. 

Systematic Biology. 43: 467-481.


Olmstead,  R.G.,  Sweere,  J.A.,  Spangler,  R.E.,  Bohs,  L.  and  Palmer,  J.D.  (1999). 

Phylogeny   and   provisional   classification   of   the   Solanaceae   based   on chloroplast   

DNA.  Pp.  111-137  in:  Nee,  M.,  Symon,  D.,  Lester,  R.N.  & Jessop, J. (eds.), Solanaceae  

IV: Advances in Biology and Utilization.  Royal

Botanic Gardens, Kew


Olmstead, R.G. and Bohs, L. (2007). A summary of molecular systematic research in Solanaceae   

1982-2006   in:   Spooner,   D.M.,   Bohs,   L.,   Giovannoni,   J., Olmstead,  R.G.  and  Shibata, 

 D.,  (eds.),  Solanaceae   VI:  Genomic   Meets Biodiversity.  Proceedings  of the Sixth  

International  Solanaceae  Conference. Acta   Horticulturae   745.   International   Society   for  

 Horticultural   Science, Leuven: 255-268.


Olmstead,  R.G.  and  Palmer,  J.D.  (1992).  A  chloroplast  DNA  phylogeny  of  the Solanaceae:   

subfamilial    relationships    and   character    evolution.    Annual Missouri Botany Garden 79: 



Oruna-Concha,   M.J.,   Gonzales-Castro,   M.J.   and   Lopez-Hernandez,   J.   (1998). Monitoring  

of  the  vitamin  C  content  of  frozen  green  beans  and  pardon peppers  by  HPLC.  Journal  of 

 the  Science  of  Food  and  Agriculture  76(3): 477-480.


Page,  R.D.M   and   Holmes,   E.C.   (1998).  Molecular   Evolution:   A   Phylogenetic Approach. 

United States: Blackwell Scientific Publications.


Palmer, J.D.( 1991). Plastid chromosomes: structure and evolution. Pp. 5-53 in I. K. Vasil  and L. 

Bogorad, eds. Cell  culture  and  somatic  cell  genetics  in  plants, Vol.  7A.  The  molecular  

biology  of  plastids.  Academic  Press,  San  Diego, California.


Pandey,  S., Ranade,  S.A.,  Nagar,  P.K. and  Kumar,  N.  (2000).  Role  of polyamines and  

ethylene  as  modulators  of  plant  senescence.  Journal  of  Bioscience  25: 291-298.


Parsons,  K. &  Hermanutz,  L.  (2006).  Conservation  of rare,  endemic  braya  species 

(Brassicaceae ): Breeding system variation, potential hybridization and human disturbance. 

Biological Conservation. 128(2): 201-214.


Paliyath, G., Murr, D.P., Handa, AK.  and Lurie, S. (2008). Postharvest  Biology and Technology  of 

Fruits,  Vegetables,  and  Flower.  John  Wiley  &  Sons;  Ames, Iowa. p. 498


Parmar, C. and  Kaushal,  M.K.  (1982).  Physalis  minima. p.  62-65.  In: Wild  Fruits.

Kalyani Publishers, New Delhi, India.


Peakall,   R.  and  Smouse   P.E.  (2006)  GENALEX   6:  genetic   analysis   in  Excel. Population 

 genetic  software  for  teaching  and  research. Molecular  Ecology Notes. 6, 288-295.


Pelayo, C., Eheler, S.E. and Kader, A.A. (2003).  Postharvest  life and  flavor quality of  three  

strawberry  cultivars  kept  at  5°C  in  air  or  air  +20  kPa  CO2  . Postharvest Biology and 

Technology 27(2):171-183.


Perera,  L.,  Russell,  J.R.,  Provan,  J.  and  Powell,  W.  (2000).  Use  of  microsatellite DNA  

markers  to  investigate  the  level  of  genetic  diversity  and  population genetic structure of 

coconut (Cocos nucifera L.). Genome. 43:15-21.


Petros,  Y.,  Merker,  A.  and  Zeleke,  H.  (2007)  Analysis  of  genetic  diversity  of Guizotia  

 abyssinica   from   Ethiopia   using   inter   simple   sequence   repeat markers. Hereditas 



Petros,  Y.,  Merker,  A.  and  Zeleke,  H.  (2008).  Analysis  of  genetic  diversity  and 

relationships  of  wild  Guizotia  species  from  Ethiopia  using  ISSR  markers. Genetics Resource 

Crop Evolution 55:451--458.


Pevsner, J. (2009). Bioinformatics and Functional  Genomics. United States: A John

Willy and Sons, Inc., Publication


Pietro, R.C., Kashima, S., Sato, D.N., Januarion, A.H. and Franca, S. (2000). In vitro 

antimycobacterial activities  of  Physalis  angulate  L.  Phytomedicine  7:  355- 358.


Pires,  A.C.  and  Marinoni,  L.  (2010).  DNA  barcoding  and  traditional  taxonomy unified  

through  integrative  taxonomy:  A  view  that  challenges  the  debate questioning both 

methodologies. Biota Neotropica 10(2): 339-346


Pirie, M.D., Vargas, M.P.B., Botermans, M., Bakeer, F.T. and Chatrou, L.W. (2007). Ancient  

paralogy  in the cpDNA trnL-F  region in Annonaceae:  Implications for  plant  molecular  

systematics.  American  Journal  of  Botany  94(6):  1003- 1016.


Plunkett,   M.G.   and   Downie,   S.R.   (2000). Expansion   and   contraction   of   the 

chloroplast  inverted  repeat  in  Apiaceae  subfamily  Apioideae. Syst.  Bot  25: 648-667.


Poczai, P., Taller, J. and Szabo, I. (2008).  Analysis  of phylogenetic  relationships  in the   

genus   Solanum   (Solanaceae)   as  revealed   by  RAPD   markers.   Plant Systematic Evolution 

275: 59-67.


Powell,  W.,  Morgante,  M.,  Andre,  C.,  Hanafey,  M.,  Vogel,  J.,  Tingey,  S.  and Rafalski,   

 A.   (1996).    The   comparison    of   RFLP,   RAPD,   AFLP   and SSR(microsatellite)  markers  

for  germplasm  analysis.  Molecular  Breeding



Patel, P.R., Gol, N.B., Tadapaneni, V. and Ramana, R.A.O. (2011). Physiochemical changes  in 

sunberry (Physalis  minima  L.) fruit during  growth and ripening. Fruits 66:  37--46.


Prasanta,  K.K.,  Srivastava,  P.P.,  Awasthi,  AK.   and  Raje,  U.S.  (2008).  Genetic 

variability  and  association  of ISSR  markers  with some  biochemical  traits  in mulberry  

(Marus  spp.)  genetic  resources  available   in  India.   Tree  Genet Genomes 4: 75-83.


Price, R. A. and Palmer,  J.D. (1993). Phylogenetic  relationships  of the Geraniaceae and  

Geraniales  from  rbcL  sequence  comparisons.  Annals  of  the  Missouri Botanical Garden 80: 



Pridgeon, AM., bateman, R.M., Cox, AV., Hapeman, J.R. and Chase, M.W. (1997). Phylogenetics  od 

subtribe Orchidinae  (Orchidoideae, Orchidaceae)  based  on nuclear ITS sequences. 1. Intergeneric 

relationships  and polyphyly  of Orchis sensu lato. Lindleyana. 16 (4): 235-271.


Pyo, Y.H,, Lee, T.C., Logendra, L. and Rosen, R.T. (2004). Antioxidant  activity and phenolic   

compounds   of  'Swiss   chard   (Beta   vulgaris   subspecies   cycla) extracts. Food Chemistry 

85(8): 19-26.


Qian,  W.,  Ge,  S.  and  Hong,  D.  Y.  (2001).  Genetic  variation  within  and  among 

populations  of a  wild  rice  Oryza  granulata  from  China  detected  by  RAPD and ISSR markers. 

Theoretical and Applied Genetics. 102(2): 440-449.


Quanted,  D.  and  Stech,  M.  (2004).  Molecular  evolution  of  trnT  UGU-trnF  GAA region in 

Bryophytes. Plant Biology. 6(5): 545-554.


Rahman, M.M., Hossain. M.M., Khaliq, Q.A. and Moniruzzaman,  M. (2014). Effect of planting  time  

and  genotypes  on  growth,  yield  and  quality  of  strawberry (Fragaria x ananassa Duch.). 

Scientia Horticulture. 167: 56-62.


Rahman, M. S., Al-rizeiqi, M. H. and Guizani, N. (2015).  Stability  of vitamin C in fresh  and  

freeze-dried  capsicum  stored  at  different  temperatures.  Journal  of Food Science and 

Technology 52: 1691-1697.


Ramadan,  M.F.  and  Morsel,  J.T.  (2003).Oil  Goldenberry  (Physalis  peruviana  L.).

Journal Agriculture Food Chemistry 51: 969-974.


Ramin, A.A  and Tabatabaei,  F. (2003).  Effect  of various maturity  stages at harvest on   

storability   of   persimmon    fruits   (Diospyros    kaki   L.).   Journal   of Agricultural 

Science and Technology 5: 113-123.


Randall,  L.,  Julie,  A,   Ryburn,  S.,  Richard,  C.,  Cronn,  T.S.  and  Jonathan,  F.W. (1998). 

The tortoise and the hare: Choosing between noncoding plastome and nuclear ADH sequences  for 

phylogeny  reconstruction in a recently  diverged plant group. American Journal of Botany 85(9): 



Rathore,  H.A., Masud, T., Sammi, S. and Soomro, A.H. (2007).  Effect of storage on 

physico-chemical composition  and sensory  properties  of  mango (Mangifera indica L.) Variety 

Dosehari. Pakistan Journal of Nutrition 6 (2): 143-148.


Reddy, G. S. N., Prakash, J. S. S., Matsumoto, G. I., Stackebrandt, E. and Shivaji, S. (2002).  

Arthrobacter   Roseus  sp.  nov.,  a  psychrophilic  bacterium   isolated from    an    Antarctic   

 cyanobacterial    mat    sample.    International    Journal Systematic Evolution Microbiol 52: 



Ricklefs,  R.  E.  (2003).  Global  diversification  rates  of  passerine  birds.  Proceedings 

Royal of Society London B 270: 2285-2291.


Raffo,  A,   Leonardi,  C.,  Fogliano,  V.,  Ambrosino,  P.,  Salucci,  M.,  Gennaro,  L., 

Bugianesi,  R.,  Giuffrida,  F.  and  Quaglia,  G.  (2002).  Nutritional   value  0f cherry   

tomatoes   (Lycopersicon   esculentum   Cv.   Naomi   Fl)    harvested   at different   ripening  

stages.  Journal  Agriculture  Food  Chemistry  50:  6550- 6556.


Richardson,  J.E., Chatrou,  L.W., Mols,  J.B., Erkens, R.H.J.  and  Pirie, M.D. (2004). Historical 

 biogeography  of  two  cosmopolitan  families  of  flowering  plants: Annonaceae   and   

rhamnaceae.   Philosophical   Transactions   of   The   Royal Society of London.  Biological 

Sciences 359: 1495-1508.


Rieseberg,  L.H. and Soltis,  D.E. (1991 ). Phylogenetic  consequences  of  cytoplasmic gene flow 

in plants. Evolution Trend Plant 5:65-84.


Richman,  A.D.  and  Kohn,  J.R.  (1999).  Self-incompatibility  alleles  from  Physalis: 

Implications  for  historical  inference  from  balanced  genetic  polymorphism. Proceed ing of 

Natural Academy of Science USA 96: 168-172.


Rodgers,   J.  L.  and   Nicewander,   W.  A   (1988).  Thirteen   Ways  to  Look  at  the 

Correlation Coefficient. The American Statistician. 42(1): 59-66.


Rohlf,  F.J. (1994).  NTSYS-pc  numerical  taxonomy and  multivariate  analysis system.

New York: Exeter Software.


Salimath,  S.  S.,  De  Oliveira,  A   C.,  Godwin,  I.  D.  and  Bennetzen,  J.  L.  (1995a). 

Assessment  of  genome  origins  and  genetic  diversity  in  the  genus  Eleusine with    DNA    

markers.    Genome/National    Research    Council    Canada= Genome/Conseil National de Recherches 

Canada. 38(4): 757.


Salimath,  S.  S.,   Oliveira,  A   C.,  Bennetzen,  J.  L.  and  Godwin,  I.  D.  (1995b). 

Assessment  of  genome  origins  and  genetic  diversity  in  the  genus  Eleusine with DNA 

markers. Genome. 38(4): 757-763.


Sankar,  A.A   and  Moore, G.A.  (2001).  Evaluation  of  inter-simple  sequence  repeat analysis   

for   mapping   in   Citrus   and   extension   of   genetic   linkage   map. Theoretical Applied 

Genetics 102: 206-214.


Santiago-Valentin,  E.  and  Olmstead,  R.G.  (2003).  Phylogenetics  of  the  Antillean 

Goetzeoideae   (Solanaceae)   and  their  relationships   within  the  Solanaceae based  on  

chloroplast  and  ITS  DNA  sequence  data.  Systematic  Botany  28: 452-460.


Salimath,   S.S.,  de  Oliveira,   AC.,  Godwin,     I.D.   and   Bennetzen,   J.L.   (1995). 

Assessment  of  genome  origins  and  genetic  diversity  in  the  genus  Eleusine with DNA 

markers. Genome 38: 757-763.


Saitou,  N. and  Nei,  N. (1987).  The Neighbour  Joining  method:  A  new  method  for 

reconstructing phylogenetic  trees. Molecular  Biology  and  Evolution  4: 406- 425.


Sanderson,   M.J.   (2003).   Molecular   data   from   27   Proteins   do   not   support   a 

precambrian  origin  of  land  plants.  American  Journal  of  Botany  90(6):  954- 956.            



Sang, T. (2002). Utility of low-copy  nuclear gene sequences in plant phylogenetics.

Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology 37(3): 121-147.


Sang, T. and Zhang, D. (1991). Reconstructing hybrid speciation  using sequences of low copy 

nuclear gene: Hybrid origins of five Paeonia species based on Adh gene phylogenies. Systematic 

Botany 24: 148-163.


SAS,  I.  (1999).  Statistical  Analytical  !::i'ystem  User's  Guide  (Vol  2).  Cary,  North 

Carolina: SAS Institute Incorporation.


Sattler,  R.  and  Rutishauser,  R.  (1997).  The  fundamental  relevance  of  morphology and 

morphogenesis to plant research. Annals of Botany. 80(5): 571.


Semagn, K., Bjornstad, A. and Ndjiondjop,  M.N. (2006).  An overview of molecular marker  methods  

for plants.  African  Journal  of  Biotechnology  5 (25):  2540- 2568.


Sen, G. and Pathak, H.D.  (1995).  Physalin  L, a 13,14-seco-16,24  cyclosteroid  from

Physalis minima. Phytochemistry 39: 1245-1246.


Scotland, R.W., Sweere, J.S., Reeves, P.A. and Olmstead,  R.G. (1995). Higher level systematics   

of  Acanthaceae   determined   by   chloroplast   DNA  sequences. American Journal of Botany 82: 



Shariff, N., Sudarshana, M.S., Umesha,  S. and Hariprasad, P. (2006).  Antimicrobial activity of 

Rauvolfia tetraphylla and Physalis minima leaf and callus extracts. African Journal of 

Biotechnology  l 0: 946-950.


Shinozaki, K., Chuwongse,  J., Deno, H., Hayashida, N., Kamogashira, T., kato, A., et al. (1986).  

The  complete  nucleotide  sequence  of the  tobacco chloroplast genome:   its   gene  organization 

  and   expression.   The  EMBO  Journal.   5: 2043-2049.


Shweta  S.  and  Poonam  P.  (2014).  Evaluation  of  antioxidant  activity  of   Physalis minima.  

    Chemical       Science       Transaction       3(3):       1179-1185.


Sloley  B.D., Urichuk  L.J., Tywin  C., Coutts R.T., Pang P.K., and  Shan J.J. (2001): Comparison  

of  chemical  components  and  antioxidants  capacity  of differ.!nt Echinacea species. Journal of 

Pharmacy and Pharmacology  53: 849-857.


Smith,  J.  F.  and  K.  J.  Sytsma.  (1994).  Evolution  in  the  andean  epiphytic  genus 

Columnea   (Gesneriaceae).  II.  Chloroplast   DNA  restriction  site  variation. Systematic Botany 

19: 317-336.


Spooner,  D.M., Anderson, G.J. and Jansen, R.K. (1993). Chloroplast  DNA evidence for  the  

interrelationships  of  tomatoes,  potatoes,  and  pepinos  (Solanaceae ). America Journal Botany 

80: 676-688.


Small,  R.L.,  Cronn,   R.C.,   and  Wendel,  J.F.  (2004).   Use  of   nuclear   genes   for 

phylogenetic reconstruction. Australia Systematic Botany 17:145-170


Sneath,  P.  H.  A.  and  Sokal,  RR.  (1973).  Numerical  taxonomy:  the  principles  and practice 

of numerical classification. San Francisco: WH Freeman and Co.


Sokal,  R.  R.  and   Michener,   C.  D.  (1958).   A  statistical   method   for  evaluating 

systematic  relationships. University of Kansas Scientific Bulletin, Phylogeny. 28: 1409-1438.


Soltis, P.S., Plunkett, G.M., Novak, S.J. and Soltis, D.E. (1995). Genetic variation  in Tragopogon 

species: Additional  origins of the allotetraploids T. mirus and T. miscellus (Compositae). 

American Journal of Botany 82: 1329-1341.


Somboonkaew,  N. and Terry, L.A. (2010). Physiological  and biochemical  profiles of imported   

litchi   fruit   under   modified   atmosphere   packaging.   Postharvest Biology and Technology 

56: 246-253.


Soltis,   D.E.,  Soltis,   P.S.,  Chase,  M.W.,   Mort,   M.E.,  Albach,  D.C.,  Zanis,   M.,

Savolainen,  V.,  Hahn,  W.H.,  Hoot,  S.B.,  Fay,  M.F.,  Axtell,  M.,  Swensen, S.M.,  Nixon,  

K.C.  and  Farris,  J.S.  (2000).  Angiosperm  phylogeny  inferred from a combined  data set of 18S 

rDNA, rbcL, and atpB sequences. Botanical Journal Linnean Society 133 (4): 381-461.


Soltis,  P.S.  and  Soltis,  D.E.  (1998).  Molecular  evolution  of  JBS ribosomal  DNA  in 

angiosperms:Implications for  character  weighting  in  phylogenetic  analysis. In  D.  E. Soltis, 

P. S. Soltis, and J. J. Doyle (eds.),  Molecular Systematics  of

Plants II, Kluwer, New York.


Soltis, D.E. and Soltis, P.S. (2000). Contributions of molecular systematics  to studies of 

molecular evolution. Plant Molecular Biology 42: 45-75.


Steane,  D.A., De Kok, R.P.  and  Olmstead,  R.G.  (2004).  Phylogenetic  relationships between 

Clerodendrum  (Lamiaceae)  and other Ajugoid genera inferred  from nuclear   and   chloroplast   

DNA   sequence   data.   Molecular   Phylogenetic Evolution 32(1): 39-45.


Strauss, S.H., Hong, Y.P. and Hipkins, V.D. (1993). High levels of and phylogeny in Douglas-fir 

based on RFLP and  RAPD (DAF) population  differentiation for mitochondrial   DNA   haplotypes   in 

 analysis   of  nuclear,   chloroplast,   and mitochondrial  genomes, Pinus radiata, muricata, and 

attenuata. Theoretical Applied Genetics 86: 247-266.


Swofford,  D.  L.,  Olsen,  G.J.,  Waddell,  P.J.  and  Hillis,  D.M.  (1996).  Phylogenetic 

Inference.  In:  HILLIS,  D.  M.,  C.  MORITZ,  and   B.  K.  MABLE   [eds.]

Molecular   Systematics,   2nd   ed.,   Sinauer   Associates,   Inc.   Sunderland, Massachusetts.


Taberlet,  P.,  Gielly,  L.,  Pautou,  G.  and  Bouvet,  J.  (1991).  Universal  primers  for 

amplification   of   three   non-coding   regions   of   chloroplast   DNA.   Plant Molecular 

Biology 17: 1105-1109.


Takahata, N. and Nei, M. (1984). FST and GST statistics in the finite island  model.

Genetics. 107(3): 501.


Tamura, K. (1992). Estimation  of the number of nucleotide substituitions when there are  strong   

transition-transversion   and   G  +  C-content   biases.   Molecular Biology and Evolution 9: 



Tamura,   K.   and   Kumar,   S.   (2002).   Evolutionary    distance   estimation    under 

heterogeneous  substitution  pattern  among  lineages.  Molecular  Biology  and Evolution 19: 



Tamura,  K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. and  Kumar,  S. (2013).  MEGA6: Molecular  

Evolutionary  Genetics  Analysis  version  6.0. Molecular  Biology and Evolution 30: 2725-2729.


Takayama,   K.,   Obi-Toma,   T.,   Kudoh,   H.   and   Kato,   H.   (2005).   Origin   and 

diversification  of  Hibiscus  glaber,  species  endemic  to  the  oceanic  Bonin

Islands, revealed by chloroplast  DNA polymorphism.  Molecular Ecology 14: 1059-1071.


Termel,  M., Otis, C. and  Lemieux,  C.  (2006).  The chloroplast  genom  sequence  of Chara 

vulgaris  sheds  new  ligh  in  to  the closet  green  algal  relatives  of  land plants. Molecular 

Biology and Evolution 23: 1324-1338.


Thompson,  AK.  (2003). Fruits and Vegetables:  Harvesting, Handling  and  Storage.

Iowa, USA. Blackwell Publishing.


Tovar,  B.,  Gracia,  H.S.  and  Mata,  M.  (2001).  Physiology  of  pre-cut  mango  II. Evolution 

of organic acids. Food Review International 34: 705-714.


Tsugi, S., Udea, K., Nishiyama, T., Hasebe, M., Yoshikawa, S., Konagaya, A., et al., (2007).   The  

 chloroplast   genome   from   a  Lycophyte   (microphyllophyte), Salaginella  uncinata, has  a 

unique  inversion,  transpositions and  many  gene losses. Journal of Plant Research 120 (2): 



Vargas-Ponce,  0.,  Martinez,  M. and Davila, P. (2001).Two  new species of Physalis

(Solanaceae) endemic to Jalisco, Mexico. Brittonia 53:505-510.


Vargas-Ponce,  0.,   Zizumbo-Villarreal, D.,  Martinez-Castillo,  J.,  Coello-Coello,  J. and 

Colunga-Garcia-Marin, P. (2009) Diversity and structure of landraces of agave grown for spirits 

under traditional  agriculture:  a comparison  with wild populations of A. angustifolia  

(Agavaceae)  and commercial  plantations  of A. tequilana. American Journal of Botany 96:448-457.


Venkatesan,  T.  and  Tamilmani,  C.  (2014).  Effect  of  ethrel  on  the  starch  sugar changes  

of  off  season  fruits  of  mango  (Mangifera  indica  L.  Var.  Neelum) during ripening. 

International Letters of Natural Sciences Online 7: 1-12


Vogel, J., Hubschmann,  T., Bomer, T. and Hess, W.R. (1997). Splicing and intron­ intemal RNA 

editing of trnK-matK  transcripts in barley plastids: Support for matK  as  an  essential  splice  

factor.  Journal  of Molecular  Biology  270:  179- 187.


Wakasugi,  T.,  Tsudzuki, J., Ito, S.,   Nakashima,  K., Tsudzuki,  T. and   Sugiura  M. (1994).   

Loss  of  all   ndh   genes  as  determined   by  sequencing   the  entire chloroplast  genome of 

the black pine Pinus thunbergii. PNAS 91 (21): 9794- 9798.


Wandel, M. and  Bugget,  A. (1997). Environmental  concern  in consumer  evaluation of food 

quality. Food Quality and Preference 8(1):19-26.


Wang, G., Mahalingan, R. and Knap, H.T. (1998). (C-A) and (GA) anchored simple sequence repeats 

(ASSRs) generated polymorphism in soybean, Glycine max (L.) Merr. Theoretical Applied Genetics 96: 



Weese,  T.L.  and  Bohs,  L.  (2007).  A  three  gene  phylogeny  of  the genus  Solanum

(Solanaceae). Systematics Botany 32: 445-463.


Wei,  J.,  Hu,  X.,  Yang,  J.  and  Yang,  W.  (2012).  Identification  of  single-copy 

orthologous genes between  Physalis and Solanum lycopersicum and analysis of  genetic  diversity  

in  Physalis   using  molecular  markers.   Plos  ONE   7: e50164


Weising,  K.,  Nybom,  H.,  Wolff,  K.  and  Kahl,  G.  (2005).  DNA  Fingerprinting  in Plants:  

Principles,  Methods  and   Applications,  CRC  Press,  Boca   Raton, United States.

Whitson,  M.  and  Manos,  P.S.  (2005).  Untangling  Physalis  (Solanaceae)  from  the physaloids: 

 A two-gene  phylogeny  of the physalinae.  Systematic  Botany  30: 216-230.


White,  T.J.,  Bruns,  T.,  Lee,  S.  and  Taylor,  J.  (1990).  Amplification  and  Direct 

Sequencing of Fungal  Ribosomal  RNA Genes for Phylogenetics  (M.A. Innis,

D.H.  Gelfand,  J.J.  Sninsky,  and  T.J  White  ed).  United  States:  Academic Press.

Witschi, H., Espiritu, I., Dance, S.T. and   Miller, M.S. (2002). A mouse lung tumor model of 

tobacco smoke carcinogenesis. Toxicology Science  68: 322-330.


Winter,   P. and   Kahl,   G.   (1995).    Molecular    marker    technologies    for   plant 

improvement. World. Journal of Microbiology & Biotechnology  11: 438-448.


Will,  F.,  Roth,  M.,  Olk,  M.,  Ludwig,  M.  and  Dietrich,  H.  (2008).  Processing  and 

analytical characterisation ofpulpenriched cloudy apple juices. Food Science and Technology 41(10): 



Will,  K.  (2010).  Integrative  Biology  200A •·  Principles  of  Phylogenetic''.  United States: 

University of California, Berkeley.


Wills, R.B.H., McGlasson,  W.B.,  Graham, D. and Joyce, D.C. (2008). Postharvest: An  Introduction  

to  The  Physiology  and  Handling  of  Fruit,  Vegetables  and Ornamentals. Sydney: University of 

New South Wales University Press Ltd.


Wicke,  S.  and  Quandt,  D.  (2009).  Universal  primers  for  the  amplification  of  the plastid 

 trnK/matK   region  in  land  plants.  Anales  del  Jardin  Botanico  de Madrid 66(2): 285-288.


Won, H.  and  Renner,  S.S.  (2005).  The  chloroplast  trnT-trnF  region  in  seed  plant lineage 

Gentales. Journal of Molecular Evolution 61 (4): 425-435.


Workneh, T.S., Azene, M. and Tesfay, S.Z. (2012). A review on the integrated  agro­ technology of 

papaya fruit. African Journal of Biotechnology, 11(85): 15098- 15110.


Yeh, F.C.,  Yang,  R.C.,  Boyle, T.B.J.,  Ye,  Z.H.  and  Mao,  J.X.  (1999).  POPGENE

3.2, the user friendly software for population  genetic analysis. University  of Alberta. Edmonton: 

 Molecular Biology and Biotechnology Centre.


Zakaria,  M.  and  Mohamad,  M.A.,  (1994).  Tradisional  medicinal  plant.  Selangor Malaysia: 

Fajar Bakti.


Zamora-Tavares,  P.,  Vargas-Ponce,  0.   and  Sanchez-Martinez,  J.  (2015)  Cabrera­ Toledo,   D. 

 Diversity   and  genetic  struture  of  the  husk  tomato  ( Physalis philadelphica   Lam.)   in   

Western   Mexico.   Genetic   Resources   and   Crop Evolution, Dordrecht 62 (1):141-153.


Zha, X., Luo, J., Wang, J., Wei, Z. and Jiang, S. (2009). Genetic  characterization of the  nine  

medical   Dendrobium   species  using  RAPD.   African   Journal   of Biotechnology  8(10): 



Zietkiewicz,  E.,  Rafalski,  A.  and  Labuda,  D.  (1994).  Genomic  fingerprinting  by simple    

sequence    repeat    (SSR)-anchored    polymerase    chain    reaction amplification. Genomics. 

20: 176-183


Znidarcic,  D. and Pozrl, T. (2006). Comparative study of quality  changes in tomato cv.  'Malike'  

(Lycopersicon   esculentum   Mill   .)  whilst   stored  at  different temperatures.  Acta 

Agriculturae Slovenica, 87(2): 235-243.


































This material may be protected under Copyright Act which governs the making of photocopies or reproductions of copyrighted materials.
You may use the digitized material for private study, scholarship, or research.

Back to previous page

Installed and configured by Bahagian Automasi, Perpustakaan Tuanku Bainun, Universiti Pendidikan Sultan Idris
If you have enquiries with this repository, kindly contact us at or Whatsapp +60163630263 (Office hours only)